ایشان در دیدار با رییس دفتر رییس‌جمهوری ضمن تمجید از عملکرد دولت گفتند: کارهای خوبی در دولت یازدهم انجام شده است، در مسایل اقتصادی گام‌های مؤثر و مفیدی برداشته شده و در زمینه مسایل درمانی و پزشکی پیشرفت‌ها مؤثر و ملموس است، البته مشکلاتی نیز وجود دارد که امیدواریم با همت دولتمردان، مرتفع شود.
آیت‌الله مکارم شیرازی در بخش دیگری از سخنانش با اشاره به مخالفتش با پرداخت یارانه نقدی از ابتدای شروع این طرح افزودند: دولت و مجلس باید دست در دست هم بدهند تا بتوانند معضل یارانه‌ها را که آثار سوئی بر اقتصاد کشور داشته است، حل کنند.
ایشان با تأکید بر حفظ و صیانت از ارزش‌های اسلامی، خاطر نشان ساختند: اگر پسوند «اسلامی» از «جمهوری» گرفته شود دشمنان به راحتی ایران را خواهند بلعید. لذا باید در مسایل فرهنگی ارزش‌های اسلامی را همواره مد نظر قرار داد.
آیت‌الله مکارم شیرازی با اشاره به برگزاری کنگره ضدتکفیری با حضور صدها اندیشمند از کشورهای اسلامی در قم برای مواجهه با خطر گروه‌های تروریستی نظیر داعش، تصریح کردند: ریشه تفکر تکفیری با کار فرهنگی و فکری خشکانده می‌شود و باید در این زمینه فعال بود.
ایشان با ابلاغ سلام به رییس‌ جمهوری، از استان قم به عنوان مرکز دینی فراکشوری و پناهگاه شیعیان و خاستگاه انقلاب ، یاد کرده و پرسش‌هایی پیرامون طرح‌های عمرانی استان نظیر طرح‌آبرسانی به این شهر مطرح کردند.
رییس دفتر رییس‌جمهور نیز در این دیدار با ابلاغ سلام دکتر روحانی، به سفر قریب‌الوقوع رییس‌ جمهوری به استان قم اشاره کرد و گفت: استان قم جایگاه ویژه‌ای در برنامه‌ریزی‌های کشوری دارد و دولت تلاش می‌کند، راه‌های ارتباطی و مواصلاتی قم را به استان‌های همجوار تسهیل کند که از آن جمله می‌توان به راه‌اندازی، راه‌آهن سریع‌السیر تهران – قم - اصفهان ظرف سه سال آینده اشاره کرد.
دکتر نهاوندیان با تشریح برنامه‌های دولت در ایجاد رونق اقتصادی و طرح نظام سلامت، گفت: توجه به زیرساخت‌های اقتصادی و زیست‌محیطی، نظیر تأمین آب مورد نیاز همه استان‌ها از وظایف حاکمیتی است که دولت به دنبال اجرای آنهاست.
رییس دفتر رییس‌جمهور با اشاره به برگزاری کنگره ضدتکفیری در قم ، انجام فعالیت‌های فرهنگی و فکری را در شناسایی تفکر سلفی و تکفیری، نیاز امروز جامعه بشری دانست و از عملکرد حوزه علمیه قم در این زمینه تجلیل کرد.
دکتر نهاوندیان همچنین با اشاره به تأکید دولت بر رعایت نظر مراجع و حوزه‌های علمیه در تصمیم‌گیری‌ها و برنامه‌سازی‌ها، آمادگی دولت برای شنیدن نظر روحانیت و حوزه‌های علمیه و مراجع در همه زمینه‌ها را اعلام کرد.